1985年，中共中央出臺《關于科學技術體制改革的決定》，開啟了中國科技事業發展的新時代。正是在這一年，中國科學院科技政策與管理科學研究所適應時代需要應運而生。

　　中國科學院科技政策與管理科學研究所是科技體制改革的產物。20世紀70年代末80年代初，中國科技界在經歷了撥亂反正和思想解放以及恢復與重建科研秩序等一系列重大變遷之后，開始科技體制改革實踐。為適應這一快速變化形勢，1977年9月中國科學院恢復政策研究室，1981年9月中國科學院學部聯合辦公室設立管理科學組。1978年3月，中國科學院設立《自然辯證法通訊》雜志社。隨著改革的不斷深入，戰略、政策和管理問題研究日益受到科學院領導層的重視。

　　1984年11月29日，中國科學院政策研究室起草完成《關于成立科技政策與管理研究所的初步設想》，提議在中國科學院政策研究室、管理科學組和《自然辯證法通訊》雜志社基礎上成立科技政策與管理科學研究所。

　　1985年6月25日，科技政策與管理科學研究所成立大會召開。

　　建所以后，研究所積極開展組織建設和科技布局。1987年1月，經與應用數學研究所協商，報經中國科學院批準，中國科學院應用數學所優選法與管理科學研究室劃轉科技政策與管理科學研究所。

　　建所以來，研究所始終堅持改革發展，跟蹤學術前沿，關注社會問題，逐步形成了學科交叉、求實創新、團隊協作的科研工作特點，以人為本、服務科研的管理風格，“志同氣合、經世致用”為核心價值的創新文化。

　　1．布局建設（1985-1987）

　　1985年6月至1987年是研究所初創時期。這一時期，研究所積極推進科研組織和隊伍建設，特別是加強專業結構調整和科研體系建設，開展對外學術交流與合作。到1987年末，研究所全面展開研究工作的條件已基本具備。

　　2．結構調整（1988-1992）

　　經過兩年多的努力，研究所組織管理和科研體系基本形成。面對科技體制改革帶來的發展機遇與挑戰，研究所著力把握發展大局，進一步優化和集成力量，增強科研能力和競爭力。

　　3．深化改革（1993-1999）

　　隨著經濟體制和科技體制改革的不斷深化，科技政策和管理研究受到各級政府和企業的廣泛關注。研究所在結構調整的基礎上，進一步深化改革，力圖加強研究所發展能力建設，為國家宏觀管理部門和中國科學院有關決策提供支撐。

　　4．創新發展（2000--）

　　改革為研究所進入中國科學院知識創新工程試點系列奠定了堅實基礎。2000年，研究所承擔的中國科學院試點研究所評估工作和中國科學院自然與社會交叉科學研究中心建設工作納入知識創新工程試點。2002年，研究所整體進入知識創新工程試點二期研究所序列，迎來了創新發展新階段。

　　2013年7月，習近平總書記視察中國科學院，明確提出要“率先建成國家高水平科技智庫”。2015年5月，中國科學院組建非法人實體中國科學院科技戰略咨詢研究院，掛靠中國科學院科技政策與管理科學研究所，統籌協調中科院科研院所、學部、教育機構相關研究資源、隊伍和平臺，探索建立持續開展戰略研究的機制。2015年11月，中國科學院被確定為黨中央、國務院、中央軍委直屬的首批10家第一類高端智庫建設試點單位之一，并明確試點的重點任務是建設戰略咨詢院。2015年12月，中國科學院黨組決定，以中國科學院科技政策與管理科學研究所更名的方式組建事業法人機構戰略咨詢院。2016年1月，戰略咨詢院正式組建，通過整合中科院文獻情報中心、地理科學與資源研究所等單位的相關研究力量，推進深化改革工作。2016年10月，中央編辦批準中國科學院科技政策與管理科學研究所正式更名為中國科學院科技戰略咨詢研究院。