2017年，戰略咨詢院緊扣國家高端智庫建設要求和中科院“率先行動”計劃部署，系統謀劃未來5到10年發展，組織制定了以“十三五”為核心的戰略咨詢院中長期發展規劃。通過召開戰略咨詢院中長期規劃研討會，組織100多位副高以上科研骨干和管理骨干進行研討，理清了發展目標，明確了戰略布局和重點，使規劃編制成為統一認識，達成共識的過程。
中長期規劃明確，戰略咨詢院的目標定位是中國科學院學部發揮國家科學技術方面最高咨詢機構作用的研究和支撐機構，是中國科學院率先建成國家高水平科技智庫的重要載體和綜合集成平臺，是集成中國科學院院內外以及國內外優勢力量建設的智庫型創新研究院；明確了未來十年的戰略目標是：成為國家倚重、社會信任、國際著名高水平科技智庫；對事關國家發展全局和長遠的重大決策提出有科學依據的咨詢意見；為應對全球挑戰和促進人類社會可持續發展提供重要科學思想支撐；成為全球科學技術和創新發展政策思想的引領者。
戰略咨詢院著眼于促進科技發展，從科技規律出發前瞻思考世界科技發展走勢；著眼于科技促進發展，從科學技術影響和作用的角度研究經濟社會發展和國家安全的重大問題。圍繞服務宏觀決策、引領發展方向、發展智庫理論方法不同層次的研究，凝練并形成了戰略咨詢院“十三五”重大突破、重點培育、前沿探索三個層次的科研任務布局，既著力促進重大產出，又著力厚實研究基礎和后勁。
明確戰略咨詢研究的重大突破是瞄準國家經濟、社會發展和國家安全的重大戰略和政策問題，有望在國家層面產生重大影響和重大貢獻的研究任務，制定并實施了“十三五”期間的“世界科技前沿研判與中國重大科技突破前瞻研究”“面向全球競爭的高新產業源頭技術研究”“百年強國資源環境關鍵瓶頸問題與對策研究”三個重大突破。
明確戰略咨詢研究的重點培育方向是瞄準科技智庫基礎創新能力建設和理論方法研究，以及有望成為未來重大突破的方向，著力形成未來競爭優勢，制定實施了“十三五”期間的“適應新科技革命與產業革命的科技體制變革研究”“大數據環境下可視化宏觀決策支持平臺”“學部思想庫建設的專業化支撐體系”“高端科技智庫的DIIS方法與理論體系”“決策咨詢導向的科技智庫綜合集成系統”五個重點培育方向。
明確戰略咨詢研究的前沿探索是前瞻性、儲備性戰略和政策研究，鼓勵發揮想象力，鼓勵原創，探索新的智庫研究增長點，“十三五”期間通過院長青年基金項目持續遴選和支持一批前沿探索研究。
