設置聯合辦公室、科技管理、人力資源管理、科教融合管理、財務資產管理、對外合作交流。具體部門和職責如下：

l 聯合辦公室

1.承擔戰略咨詢院理事會辦公室工作；

2.綜合事務協調管理。院務會、全院職工大會、全體黨員大會等院級會議組織；

3.黨建、紀檢監察工作組織實施。黨委、紀委日常工作協調；

4.文件、文書管理；綜合檔案管理；

5.印章、證件等管理；

6.政務宣傳、黨建工作宣傳；

7.協調組織規章制度體系建設；

8.保密工作組織；

9.后勤、保衛和安全管理工作；

10.領導交辦的其他工作。

l 科技管理處

1.協助院領導確定各個階段的重點研究領域和學科發展方向，做好院內重大科研任務的組織與部署（“一三五”研究任務）；

2.開展科技情報和發展戰略研究，組織制定中長期科研發展規劃；

3.負責院科研業務的協調管理；負責科研業務方面的規章制度建設；

4.負責科研業務工作的日常管理（包括課題管理、成果和報獎管理、質量和計量管理、科研統計、科技檔案管理等）；

5.承擔重大科技活動的組織、承辦學術活動；

6.協管科技合作和學術交流；  

l 人事教育處  

1.人力資源規劃、政策、規章制度等制定與實施。

2.人才引進、各類人才計劃等綜合管理，部門設置、人員編制與崗位配置管理。

3.薪酬、考核、社保、人事調配、人事檔案、聘用合同等人事管理。

4.博士后管理。

5.離退休職工管理；派遣人員管理。

6.研究生教育工作規劃、政策、規章制度等制定與實施。

7.研究生招生計劃、招生宣傳及錄取工作。

8.研究生學籍、教學、學位、檔案管理；就業指導與派遣。

9.研究生黨團、研究生會工作指導。

10.組織實施科教融合相關工作。

11.承擔院內外培訓工作。

l 財務資產處

1.編制和上報各類財務資產報表，包括財務、政府采購和固定資產的預算、決算、月報、支出計劃報等，并提供相關決策數據支撐;

2.財務、政府采購和固定資產的管理制度建設和組織管理;

3.財務管理與會計核算，包括全部收入和支出，保證資金安全;

4.經費預算執行跟蹤，對預算執行情況進行分析和督促;

5.稅務申報和稅金繳納及其他涉稅事項;

6.工會、學會的財務管理工作;

7.投資機構的財務、資產決算報送等相關工作;

8.會計檔案的整理、裝訂、立卷、歸檔、查閱工作;

9.科研經費的查閱驗收、各類審計和稽查工作；

10.領導交辦的其他工作。

l 對外合作交流處

1.負責與國家宏觀決策部門溝通聯系機制建立與落實；

2.負責國內合作研究網絡建設，包括與研究機構、社會組織、大學、企業的合作，以及任務的爭取工作；

3.負責國內智庫開放合作機制及聯盟建設，主要與高端智庫、社會智庫之間的聯絡與合作；

4.負責國際合作研究網絡建設，包括與國際著名智庫、相關國際組織、研究機構和大學的聯絡與合作；

5.負責對外合作交流制度和機制建設；負責對外合作交流檔案管理；

6.戰略咨詢院級國際合作項目的組織申報、項目管理；

7.各種外事事務管理。