按照5大特色方向，設置科技發展戰略研究所、創新發展政策研究所、可持續發展戰略研究所、系統分析與管理研究所、科技戰略情報研究所等5個研究所，每個研究所聚焦若干具體研究方向，以任務為核心，協調發展相關學科前沿研究。

　　同時，設置重大任務管理集成部，兼具管理和研究功能，主要負責高端智庫試點聯絡、任務管理、成果綜合集成和成果報送。